O Seminário Propedêutico Dom Adriano Hypólito surgiu na Diocese de Nova Iguaçu (RJ), após uma longa gestação, a partir de reflexões internas, de encontros de formadores de outras dioceses e de documentos da Igreja.
A concretização do projeto deu-se no ano de 2003. Na época, o recém-ordenado Diácono Luciano Adversi assumiu a reitoria do que passou a chamar-se Seminário Propedêutico Santo Estevão, ocupando a casa paroquial da Paróquia Jesus Bom Pastor, em Belford Roxo, da qual o Diácono foi nomeado Adminstrador Paroquial. O Padre Nelson Ricardo Cândido dos Santos, recém-ordenado, nomeado para a Paróquia Nossa Senhora Aparecida, do Jardim Gláucia, em Belford Roxo, paróquia vizinha à do Bom Pastor, foi nomeado Diretor Espiritual.
Em 2006, o Padre Luciano Adversi é transferido para outra paróquia e o Seminário Propedêutico é transferido para a antiga residência episcopal de D. Adriano Hypólito, em Parque Flora, Nova Iguaçu, passando a chamar-se Seminário Propedêutico Dom Adriano Hypólito. Com a nomeação do Pe. Nelson para Diretor da Comunidade de Filosofia do Seminário Paulo VI, o Diácono Valdemir é nomeado Vice-Reitor e o Pe. Vanildo assume a Direção Espiritual.
Em 2010, com a saída do Pe. Luciano, o Pe. Valdemir assume a reitoria do Seminário Propedêutico. Neste mesmo ano, o Pe. Nelson deixa a direção do Seminário Paulo VI.
Em conversas entre D. Luciano Bergamin, bispo da Diocese de Nova Iguaçu, e o Pe. Nelson, e na impossibilidade deste deixar a Paróquia Nossa Senhora da Conceição de Tinguá, para a qual foi nomeado Pároco em abril de 2008, ficou acordado que o Pe. Valdemir assumiria em 2011 a direção da Comunidade de Filosofia do Seminário Paulo VI e o Pe. Nelson, a reitoria do Seminário Propedêutico Dom Adriano Hypólito, tendo como Vice-reitor e diretor o Pe. Márcio José Horácio, sendo que a casa de formação seria transferida do Parque Flora para Tinguá.